在判断单位扣押证书是否违法时，存在以下特殊情况或例外情形，需结合具体情况分析。
1. 劳动者自愿将证书交由单位保管且有书面协议：若劳动者与单位签订书面协议，明确约定将证书交由单位保管（如用于资质审核），且单位未超出协议约定的保管范围和期限，则可能不构成违法。但协议内容需符合法律规定，不得限制劳动者的合法权益。
2. 单位因办理法定手续暂时保管证书：例如，单位为劳动者办理社保、职业资格注册等法定手续，需暂时使用证书，且在手续办理完毕后立即归还，这种情况属于合理保管，不构成违法扣押。但若单位在手续办理完毕后仍拒绝归还，则属于违法行为。
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关于您提出的“证书被单位扣押，单位是否有责任”的问题，首先可以明确单位的扣押行为通常是违法的。
单位扣押劳动者的证书是违法的，需承担相应法律责任。
1. 若单位扣押的是居民身份证、学历证书、职业资格证书等证件：根据法律规定，用人单位无权扣押，劳动者可要求单位立即退还，并向劳动行政部门投诉。
2. 若单位以“办理社保、入职手续”等名义暂时保管证书，但未在合理时间内归还：同样属于违法扣押，劳动者有权要求单位限期退还。
3. 若单位因劳动者离职拒绝归还证书：单位的行为违反法律规定，需承担退还责任及可能的赔偿责任。
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单位扣押证书可能带来以下法律风险，需引起您的重视。
1. 诉讼时效风险：根据法律规定，劳动争议申请仲裁的时效为一年。例如，劳动者在2023年1月发现单位扣押其职业资格证书，但直到2024年2月才申请仲裁，此时已超过时效，仲裁机构可能不予受理，劳动者将无法通过法律途径要求退还证书。
2. 经济损失风险：单位扣押证书可能影响劳动者的职业发展。例如，某劳动者因单位扣押其教师资格证，无法应聘新的教师岗位，导致数月无收入，造成直接经济损失。
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在处理单位扣押证书的问题时，需避免以下常见的错误操作，以免影响权益维护。
1. 忽视证据收集：部分劳动者未保留单位扣押证书的证据，导致投诉或仲裁时无法证明单位的违法行为，难以维护自身权益。
2. 与单位发生激烈冲突：采取争吵、威胁等方式要求退还证书，可能激化矛盾，不利于问题解决，甚至可能被单位反告“扰乱工作秩序”。
3. 超过诉讼时效：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，若劳动者在知道权利被侵害后超过一年未采取行动，将丧失胜诉权。
若您对如何正确处理单位扣押证书的问题存在疑问，建议进一步向律师咨询，获取专业指导。

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